協議離婚に関して言えば、最終的に夫婦が離婚に合意をしていれば、「離婚理由」は何でも構いません。
一般的なところでいうと
「夫婦の性格の不一致」
「夫または妻の不貞行為(不倫)」などの離婚理由が多いですが、
「夫または妻のギャンブル、借金」
「夫または妻が性的に異常」
そしてタイトルにもあるような「夫または妻の親族とうまくいかない」
などということも、離婚理由になり得ます。
要するに、「元々の原因は何であれ、最終的に夫婦が離婚に合意すれば、協議離婚は成立する」ということです。
夫婦の離婚理由が何であるかは、離婚届に記載する箇所もありませんし、どこかに届け出る必要もありません。